El cerro y el manantial representados en la parte superior izquierda son elementos propios de paisaje del lugar, que iluminados con un sol naciente, representa la fundación de la ciudad. Al centro se aprecia la figura de San Francisco de Asís, patrono del lugar. La palma localizada en la parte superior derecha simboliza la principal industria del municipio. La colmena en la parte inferior izquierda es signo de la laboriosidad y organización y, finalmente, en el extremo inferior derecho, se dibuja una torre simbolizando la fortaleza del municipio. La leyenda "Siempre Libre" representa el espíritu de los lugareños.
El área del territorio municipal comprende 422 kilómetros cuadrados, equivalentes al 1.40 % de la superficie total del estado. Limita al norte y al este con el municipio de León; al sureste con el de Romita; al sur con el de Manuel Doblado y al oeste con el de Purísima del Rincón. El municipio está compuesto por 86 localidades, entre las cuales las más importantes son San Francisco del Rincón con el 62.5% de la población total del municipio, San Ignacio deHidalgo, 2.1%; San Roque de Montes, 2%; El Maguey, 1.9%; San Cristóbal, 1.8%; y San Roque de Torres, 1.8% La principal corriente del municipio es el río Santiago, afluente del Lerma. Al norte del municipio se encuentra la presa de San Juan; al sur la presa de Silva y la ciénega de Enmedio. Con frecuencia han ocurrido inundaciones en el municipio, como la de 1976, que dejó semidestruida a la ciudad.
San Francisco del Rincón